Cuando se habla del pasado prehispánico de Baja California, es inevitable remitirse a la ruta de las misiones. Esta ruta comenzó a establecerse a partir de 1697 con la llegada de los conquistadores y su intento de evangelizar a los pobladores, se fundaron estratégicamente diferentes misiones que hoy en día son parte de un recorrido que no debe faltar en su visita a Los Cabos.
Estas misiones fueron construidas de adobe y cuentan con pinturas rupestres que le ayudarán a entender un poco más de cerca esta etapa de evangelización que dejó como resultado estos conventos algunos restaurados, otros abandonados, pero todos con una historia de trasfondo que refleja una etapa más de la civilización mexicana en su largo trayecto hacia lo que ahora es.
La ruta comienza desde San Ignacio y se extiende hasta llegar a Los Cabos, conformando así 10 misiones aún conservadas.
Misión de San Francisco Javier.
Fundada en 1699 por el padre Francisco María Piccolo. En un principio se construyó la capilla de “Todos los Santos”, pero debido a ataques por parte de los indígenas, fue abandonada. Dos años después continuó su construcción; actualmente es el edificio mejor preservado de todos. Se localiza a 30 kms de Loreto, el camino es de terracería. En su trayecto encontrará las Cuevas Pintas, sitio donde hay pinturas rupestres.
Misión de San Ignacio.
Fundada por los padres Juan Bautista y Sebastián de Sistiaga. Se localiza 102 kms al noroeste de la Misión de Santa Rosalía de Mulegé.
Misión de San José Comondú.
Fundada por el padre Julián Mayorga. La época de mayor auge fue en 1745 con una población indígena de alrededor de 350 personas. Hacia 1800 fue abandonada por falta de población. Se localiza 50 km al oeste de la Misión de Nuestra Señora de Loreto.
Nuestra Señora de Loreto.
Fundada por el padre Juan María Salvatierra, fue la primera Misión permanente, base para el establecimiento de las demás, se diseñó como fuerte y como cuartel. Se conservan algunos óleos y la campana, que data del siglo XVIII. Se localiza a 25 kms al sur dela Misión de San Bruno.
Misión de Santa Rosalía Mulegé. Fundada por el padre Juan María Balsadúa. Tuvo actividad por más de 100 años, a pesar de epidemias de peste que disminuyó la población. Se localiza 117 kms al noroeste de la Misión de Nuestra Señora de Loreto.
Nuestra Señora del Pilar de la Paz.
Fundada por los padres Juan de Ugarte y Jaime Bravo, provenientes de la Misión de Loreto. La hostilidad de los indios imposibilitó el desarrollo de la Misión, cuyos misioneros tuvieron que refugiarse en la isla Espíritu Santo. Se localiza a 233 kms al sur de la Misión de Nuestra Señora de Loreto en la Bahía de la Paz.
Misión de Santa Rosa de las Palmas.
Originalmente fue la Misión de Nuestra Señora del Pilar de la Paz. Fue abandonada debido a falta de población.
Misión Santiago de los Coras.
Inicialmente establecida en la costa del golfo por el padre Ignacio María Nápoli. La rebelión indígena destruyó la misión con el martirio del padre Carranco. El padre Nápoli la reconstruyó en 1736, pero continuó su declive debido a diversas epidemias entre 1742 a 1748. Se localiza 100 kms al sureste de la Misión Nuestra Señora del Pilar de la Paz.
Misión San Luis Gonzaga.
Fundada por el padre Lambert Hostell. Se localiza 28 kms al oeste de la Misión de Nuestra Señora de los Dolores.
Estero de Las Palmas de San José del Cabo.
Fundada por el padre Nicolás Tamarral. En 1934 hubo una rebelión que causó el abandono temporal de la Misión al ser martirizado el padre Tamarral. Hacia 1769 una epidemia de fiebre causó la muerte de la mayoría de la población indígena, y en 1793, inundaciones terminaron por destruir la Misión. Fue abandonada totalmente en 1840. Se localiza 50 kms al sur de la Misión Santiago de los Coras.